След изпълнение на Фаза 1, която бе реализирана по време на КОВИД – 19 пандемията и включваше базовите функционалности на електронната рецепта и електронното направление, както и основна интеграция с регистрите на съсловните организации, успешно завърши и Фаза 2 от изграждането и надграждането на Националната здравноинформационна система (НЗИС). Дейностите по изграждане и надграждане на Националната здравноинформационна система са част от изпълнението на Националната здравна стратегия за развитие на Електронното здравеопазване в България. Изграждането и надграждането на системата беше извършено между юли 2020 и август 2023 г.  Системата е ключова за здравеопазването, като интегрира всички участници в процеса – лечебни и здравни заведения, лекари, фармацевти, лаборатории, дентални практики, зъболекари, пациенти и др.

Изграждането на системата е част от ангажиментите по изпълнението на Националния план за възстановяване и устойчивост (НПВУ) в сектор „Здравеопазване“, като отключва възможността за трансграничен обмен на медицинска информация и надграждането с данни за проведени образни диагностики.

След първата подготвителна фаза на проекта, във втората фаза бяха разработени и въведени всички необходими номенклатури и стандарти и функционалности на системата. Изграден е здравно-информационен портал; единно Електронно медицинско досие, подсистеми за Електронна рецепта и Електронно направление и за събиране на информация от болници, за мониторинг и контрол в здравеопазването. Направена е интеграция между националните системи в здравеопазването като националната здравно-осигурителна каса (НЗОК), Изпълнителна агенция по лекарствата (ИАЛ) и др. НЗИС намира отражение и в Националните рамкови договори на НЗОК със съсловните организации.

Основно предимство на НЗИС за пациентите е възможността за достъп в реално време до регистрираните за тях електронни здравни записи - рецепти, направления, резултати от изследвания, хоспитализации, протоколи от лекарски комисии, прегледи и ваксини. Това дава информираност за провежданото лечение и подпомага допълнително контролната дейност за реализираните дейности.

С изграждането на НЗИС се постигат целите за проследяване на качеството на медицинската помощ, наблюдение върху диагностиката и лечението, намаляване на медицинските грешки и осигуряване на рационално лекарствено лечение. Улеснява се комуникацията между пациенти и здравни професионалисти, дава се възможност за бърз достъп до необходимите данни и до лесно четима и пълна медицинска документация. Повишава се ефикасността при изразходване на финансови средства, намаляват се разходите за съхранение на информация. Създава се възможност за предварителен и последващ контрол върху медицинските и дентални дейности и предписването, и отпускането на лекарства в реално време и последващо.

В системата до момента са регистрирани общо 52 065 320 електронни прегледа, 624 967 дентални е-прегледа, 2 344 651 е-хоспитализации и 5 806 789 е-имунизации. Издадени са 35 405 306 електронни рецепти и общо 30 325 293 електронни направления. С НЗИС работят всички участници в сектор „Здравеопазване“, като към момента регистрираните в системата участници са 24 345 лекари, 4 426 фармацевти и 6 606 дентални лекари.

Приключването на Фаза 2 дава възможност за започване на Фаза 3, която е фокусирана върху системите за проследяване движението на лекарствата с цел елиминиране недостига. Ще се въведе система за проследяване на имунизациите. Ще бъде изграден и модул за превенции и профилактика с нотификация за пациентите относно техните права за по-добър достъп до този вид услуги. Ще се създаде и модул за Майчино и детско здравеопазване с цел надграждане на медицинските прегледи, свързани с правата на децата и майките. Ще се надграждат регистрите в здравната система за проследяване на онкологичното лечение, терапии и хода на лечението и др. Също така се цели оптимизация и минимизиране на хартиения документооборот между институциите.