Финансирането на преструктурирането на болничната система ще се осъществи със средства от Европейските структурни фондове, за които Министерство на здравеопазването в момента кандидатства.
Средствата са предназначени за държавни и общински болници, като за държавните болници максималната стойност на безвъзмездната помощ е 137 млн. лв., а за общинските 147 млн. лв.
Инвестицията за държавните болници ще бъде за лечение и диагностика на онкологични заболявания. Предвижда се да се финансират 2 високотехнологични болници за онколечение и 10 високотехнологични центъра за онко-диагностика.
Финансирането в общинските болници ще бъде за 3 типа болници:
Инвестицията ще бъде само за инфраструктурни проекти за преструктуриране на болничната система, а не за финансирането на медицински дейности. В тази връзка, размера на бюджета на НЗОК няма отношение към инвестицията от Европейския съюз.